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Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000
Archivos de resultados de secuenciación
Tipo de archivo
Archivos de
llamadas de bases
concatenadas
Archivos de
ubicación de grupos
Archivos de filtro
Archivos InterOp
Archivo de
información del
experimento
Archivos de resultados del análisis secundario de DRAGEN
La plataforma de tecnología bioinformática DRAGEN analiza sus resultados de secuenciación
integrados en el instrumento más en detalle utilizando uno de los siguientes procesos de análisis.
•
BCL Convert (Conversión de BCL)
•
Germline (Línea germinal)
•
RNA (ARN)
•
Enrichment (Enriquecimiento)
En esta sección, se ofrece información sobre cada proceso de DRAGEN, incluida la información del
archivo de resultados. Además de generar archivos específicos de cada proceso, DRAGEN ofrece
mediciones del análisis en un archivo <nombre_muestra>.metrics.json y los informes descrito en
Proceso DRAGEN BCL Convert en la página
N.º de documento 1000000109376 v01 ESP
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
Descripción, ubicación y nombre del archivo
Cada grupo analizado se incluye en un archivo de llamadas de bases
concatenadas, agregado en un archivo para cada ciclo, carril y superficie. El
archivo agregado contiene la llamada de bases concatenada y la puntuación
de calidad codificada para cada grupo. Los archivos de llamadas de bases
concatenadas los utilizan BaseSpace Sequence Hub o bcl2fastq2.
Data/Intensities/BaseCalls/L001/C1.1
L[carril]_[superficie].cbcl, por ejemplo L001_1.cbcl
Para cada celda de flujo, un archivo binario de ubicación de grupos contiene
las coordenadas X e Y para los grupos en una placa. Una disposición
hexagonal que coincide con la disposición de nanopocillos de la celda de flujo
define previamente las coordenadas.
Data/Intensities
s_[carril].locs
El archivo de filtro especifica si los grupos han superado los filtros. Estos
archivos se generan en el ciclo 26 mediante el uso de 25 ciclos de datos.
Para cada placa, se genera un archivo de filtro.
Data/Intensities/BaseCalls/L001
s_[carril]_[placa].filter
Los archivos de informe binarios se pueden visualizar integrados en el
instrumento con el software de control del instrumento o fuera de él en SAV o
BaseSpace Hub. Los archivos InterOp se actualizan durante el experimento.
Carpeta InterOp
Indica el nombre del experimento, el número de ciclos de cada lectura, si la
lectura es una Lectura del índice, y el número de sectores y placas de la
celda de flujo. El archivo de información del experimento se crea al inicio del
experimento.
[Carpeta raíz], RunInfo.xml
49.
47
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