Manuales relacionados para Illumina NextSeq 550
Resumen de contenidos para Illumina NextSeq 550
- Página 1 NextSeq 550 Guía del sistema N.º de documento 15069765 v05 ESP PROPIEDAD DE ILLUMINA Diciembre de 2018 Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
- Página 2 Guía del sistema NextSeq 550 Este documento y su contenido son propiedad de Illumina, Inc. y sus afiliados ("Illumina") y están previstos solamente para el uso contractual de sus clientes en conexión con el uso de los productos descritos en él y no para ningún otro fin.
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Página 3: Historial De Revisiones
Guía del sistema NextSeq 550 Historial de revisiones Documento Fecha Descripción del cambio N.º de material Diciembre Se han actualizado las descripciones de software, pantallas y flujo de 20006831 de 2018 trabajo del software de control de NextSeq (NCS) 4.0. N.º de documento Se ha actualizado la siguiente información adicional de NCS 4.0. - Página 4 15069765 v03 Adición de información relativa al servicio de supervisión proactiva de Illumina en la sección de selección de configuración de BaseSpace. Actualización de referencias al software RTA v2 a RTA2. N.º de material Marzo de Incorporación de la sección Consideraciones sobre el indexado.
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Página 5: Tabla De Contenido
Contenido Capítulo 1 Descripción general Introducción Recursos adicionales NextSeq 550Dx en modo RUO Componentes del instrumento Descripción general de los consumibles de secuenciación Capítulo 2 Primeros pasos Puesta en servicio del instrumento Personalizar la configuración del sistema Personalización de la configuración del experimento Consumibles y equipos suministrados por el usuario Capítulo 3 Secuenciación Introducción... - Página 6 Guía del sistema NextSeq 550 Solución de errores de la comprobación automática Contenedor de reactivos usados lleno Flujo de trabajo de la rehibridación Errores de lectura y BeadChip Fórmulas personalizadas y carpetas de fórmulas Comprobación del sistema Mensaje de error de RAID Configuración de ajustes del sistema Apéndice B Análisis en tiempo real Descripción general de Análisis en tiempo real...
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Página 7: Capítulo 1 Descripción General
Análisis basado en la nube con BaseSpace Sequence Hub: e flujo de trabajo de secuenciación se encuentra integrado en BaseSpace Sequence Hub, el entorno informático basado en la nube de Illumina para la supervisión de experimentos, el análisis de datos y la colaboración. En el curso del experimento, los archivos de resultados se envían en tiempo real a BaseSpace Sequence Hub para su análisis. -
Página 8: Recursos Adicionales
Guía del sistema NextSeq 550 Recursos adicionales La documentación siguiente está disponible para su descarga en el sitio web de Illumina. Recurso Descripción Guía de preparación del centro para el Proporciona especificaciones para el espacio del laboratorio, los requisitos sistema NextSeq (n.º de documento eléctricos y las consideraciones medioambientales. -
Página 9: Componentes Del Instrumento
Guía del sistema NextSeq 550 Componentes del instrumento El sistema NextSeq 550 cuenta con un monitor con pantalla táctil, una barra de estado y cuatro compartimentos. Figura 1 Componentes del instrumento A Monitor con pantalla táctil: permite la configuración integrada en el instrumento y el ajuste mediante el uso de la interfaz del software de control. -
Página 10: Compartimentos De Reactivos Y Tampones
Guía del sistema NextSeq 550 Compartimentos de reactivos y tampones La configuración de un experimento de secuenciación en NextSeq 550 requiere acceso al compartimento de reactivos y al compartimento de tampones para efectuar la carga de los consumibles del experimento y el vaciado del contenedor de reactivos usados. -
Página 11: Iconos De Estado
Guía del sistema NextSeq 550 Durante el experimento, que puede supervisar en NCS o en Local Run Manager, NCS realiza las siguientes funciones. Pone en funcionamiento la platina de la celda de flujo Dispensa los reactivos Controla la fluídica Establece las temperaturas Captura imágenes de los grupos de la celda de flujo Ofrece un resumen visual de las estadísticas de calidad. -
Página 12: Botón De Encendido
Guía del sistema NextSeq 550 Icono de la barra de navegación El icono de minimizar NCS se encuentra en la esquina superior derecha de la interfaz del software de control. Icono de acceso Nombre del icono Descripción Minimizar NCS Seleccione para minimizar NCS y acceder a las carpetas y aplicaciones de Windows. -
Página 13: Descripción General De Los Consumibles De Secuenciación
Guía del sistema NextSeq 550 Figura 3 Adaptador reutilizable de BeadChips A Adaptador de BeadChips B Pinza de retención Descripción general de los consumibles de secuenciación Contenido y almacenamiento Los consumibles de secuenciación necesarios para ejecutar el instrumento NextSeq se proporcionan por separado en un kit de un solo uso. -
Página 14: Compatibilidad Y Etiquetado Del Kit
Guía del sistema NextSeq 550 PRECAUCIÓN Para los kits de reactivos de NextSeq v2.5 hace falta usar NCS v2.2 o una versión superior. Asegúrese de que han finalizado las actualizaciones de software antes de preparar las muestras y los consumibles. Compatibilidad y etiquetado del kit Los componentes del kit están marcados con indicadores codificados por colores que indican la compatibilidad entre las celdas de flujo y los cartuchos de reactivo. -
Página 15: Descripción General Del Cartucho De Reactivo
Manipule los reactivos utilizados como residuos químicos y deséchelos de conformidad con las normativas y leyes regionales, nacionales y locales aplicables. Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. N.º de documento 15069765 v05 ESP Para uso exclusivo en investigación. -
Página 16: Depósitos Reservados
Guía del sistema NextSeq 550 Depósitos reservados Figura 6 Depósitos numerados Posición Descripción 7, 8 y 9 Reservadas para cebadores personalizados opcionales Carga de bibliotecas Para obtener información sobre los cebadores personalizados, consulte la Guía de cebadores personalizados de NextSeq (n.º de documento 15057456). Depósito extraíble de la posición n.º 6 El cartucho de reactivo precargado incluye un reactivo de desnaturalización en la posición 6 que contiene formamida. -
Página 17: Capítulo 2 Primeros Pasos
Capítulo 2 Primeros pasos Puesta en servicio del instrumento Personalizar la configuración del sistema Personalización de la configuración del experimento Consumibles y equipos suministrados por el usuario Puesta en servicio del instrumento Coloque el interruptor de encendido principal en la posición I (Encendido). Figura 8 Interruptor de alimentación situado en la parte trasera del instrumento NOTA Para iniciar el instrumento NextSeq 550Dx en el modo de investigación, consulte... -
Página 18: Personalizar La Configuración Del Sistema
Guía del sistema NextSeq 550 Personalizar la configuración del sistema El software de control incluye ajustes configurables del sistema para las siguientes opciones. Para cambiar los ajustes de la configuración de red, consulte la sección Configuración de ajustes del sistema en la página Personalizar identificación del instrumento (avatar y alias) Establecer indicador de audio y opción de teclado Ajustar la opción Custom Recipes (Fórmulas personalizadas) -
Página 19: Ajustar La Comprobación De Actualizaciones De Software Del Instrumento Desde Basespace
Con este ajuste activado, los datos del rendimiento del instrumento se envían a Illumina. Estos datos ayudan a Illumina a solucionar problemas de forma más sencilla y a detectar posibles fallos, lo que permite llevar a cabo tareas de mantenimiento proactivo y maximizar el tiempo de actividad del instrumento. -
Página 20: Establecimiento De La Opción De Purgado Automático
Guía del sistema NextSeq 550 Seleccione la casilla de verificación Use Advanced Load Consumables (Utilizar consumibles de carga avanzada) para habilitar la opción de cargar todos los consumibles del experimento en una sola pantalla. Seleccione la casilla de verificación Skip Pre-Run Check Confirmation (Omitir confirmación de comprobación previa al experimento) para iniciar automáticamente la secuenciación o lectura después de que se lleve a cabo correctamente una comprobación automática. -
Página 21: Consumibles Suministrados Por El Usuario Para El Mantenimiento Del Instrumento
óptica y soporte isopropílico (99 %), botella de 100 ml para el cartucho de limpieza Filtro de aire Illumina, n.º de catálogo 20022240 Para instrumentos con filtro de aire. Limpieza del aire que el instrumento recibe para refrigerarse. Directrices para el agua de laboratorio Utilice siempre agua de laboratorio o agua desionizada para llevar a cabo los procedimientos del instrumento. -
Página 22: Capítulo 3 Secuenciación
En función de la aplicación, hay varios métodos de análisis disponibles. Para obtener más información consulte la ayuda de BaseSpace (help.basespace.illumina.com) o la Guía del software Local Run Manager (n.º de documento 1000000002702). N.º de documento 15069765 v05 ESP Para uso exclusivo en investigación. -
Página 23: Duración Del Experimento De Secuenciación
Para obtener más información sobre las duraciones previstas y otras especificaciones del sistema, visite la página de especificaciones de NextSeq 550 en el sitio web de Illumina. Número de ciclos de una lectura En un experimento de secuenciación, el número de ciclos realizados en una lectura es un ciclo más que el número de ciclos analizados. -
Página 24: Creación De Un Experimento Con El Software Local Run Manager
Guía del sistema NextSeq 550 Vacíe el contenedor de reactivos usados y vuelva a cargarlo. Cargue el cartucho de tampones y el cartucho de reactivo. Revise los resultados de la comprobación previa al experimento. Seleccione Start (Iniciar). Supervise el experimento desde Local Run Manager en la interfaz del software de control, o desde un ordenador en red mediante BaseSpace Sequence Hub o Sequencing Analysis Viewer. -
Página 25: Preparación De La Celda De Flujo
Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Preparación de la celda de flujo Extraiga un nuevo embalaje de celda de flujo de su almacenamiento a una temperatura de entre 2 °C y 8 °C. -
Página 26: Preparación De Bibliotecas Para La Secuenciación
Guía del sistema NextSeq 550 Figura 11 Extracción del estuche Limpie la superficie de cristal de la celda de flujo con un paño sin pelusa humedecido en alcohol. Seque el cristal con una toallita de laboratorio sin pelusa. Preparación de bibliotecas para la secuenciación La concentración de carga y el volumen de las bibliotecas varían en función de la versión de NCS que esté... -
Página 27: Configuración De Un Experimento De Secuenciación
Guía del sistema NextSeq 550 Figura 12 Carga de bibliotecas Configuración de un experimento de secuenciación En la pantalla Home (Inicio), seleccione Experiment (Experimento). En la pantalla Select Assay (Seleccionar ensayo), seleccione Sequence (Secuenciar). El comando Sequence (Secuenciar) abre la puerta del compartimento de adquisición de imágenes, suelta los consumibles del experimento anterior y abre el conjunto de pantallas de configuración del experimento. -
Página 28: Selección Del Modo De Experimento Y Basespace Sequencing Hub
Guía del sistema NextSeq 550 BaseSpace Sequence Hub (Opcional) Al configurar un experimento de secuenciación, debe seleccionar una de las siguientes opciones de BaseSpace Sequence Hub. Opción Descripción y requisitos Run Monitoring and Storage Envía archivos InterOp, archivos de registro y datos del experimento a (Almacenamiento y supervisión del BaseSpace Sequence Hub para su análisis y supervisión remotas. -
Página 29: Introducción De Los Parámetros De Experimento Y Análisis En Ncs (Modo De Experimento Manual)
Guía del sistema NextSeq 550 Purge consumables for this run (Purgar consumibles para este experimento): cambie el ajuste para purgar los consumibles de forma automática tras el experimento actual. Seleccione Next (Siguiente). Introducción de los parámetros de experimento y análisis en NCS (modo de experimento Manual) Introduzca el nombre de experimento que desee. -
Página 30: Vaciado Del Contenedor De Reactivos Usados
Guía del sistema NextSeq 550 Figura 13 Carga de la celda de flujo Seleccione Load (Cargar). La puerta se cierra de forma automática, el ID de la celda de flujo aparece en pantalla y se comprueban los sensores. Seleccione Next (Siguiente). Vaciado del contenedor de reactivos usados Retire el contenedor de reactivos usados y deseche el contenido de conformidad con las normativas aplicables. -
Página 31: Carga Del Cartucho De Tampones
Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Deslice el contenedor de reactivos usados vacío dentro del compartimento de tampones hasta que se detenga. -
Página 32: Carga Del Cartucho De Reactivo
Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. NOTA Para garantizar un desecho seguro del reactivo no usado, el depósito de la posición 6 es extraíble. Para obtener más información, consulte... -
Página 33: Revisión De La Comprobación Automática
Guía del sistema NextSeq 550 Figura 18 Posición n.º 6 extraíble A Cubierta protectora de goma B Posición n.º 6 Presione la pestaña de plástico transparente y empuje hacia la izquierda para extraer el depósito. Deseche el depósito de conformidad con las normativas aplicables. Revisión de la comprobación automática El software ejecuta una comprobación automática del sistema. -
Página 34: Ciclos De Criterios De Medición Del Experimento
Guía del sistema NextSeq 550 Figura 19 Progreso y criterios de medición del experimento de secuenciación A Run progress (Progreso del experimento): muestra el paso actual y el número de ciclos completados para cada lectura. La barra de progreso no es proporcional a la velocidad del experimento de cada paso. -
Página 35: Lavado Automático Posterior Al Experimento
Guía del sistema NextSeq 550 Estado Local Run Manager Carpeta de resultados Illumina BaseSpace Sequence Hub Conectado Conectado y transfiriendo datos Desconectado Desactivado Si la transferencia de datos se interrumpe durante el experimento, los datos se almacenan temporalmente en el ordenador del instrumento. Al restablecer la conexión, la transferencia de datos se reanuda de manera automática. -
Página 36: Después Del Lavado
Guía del sistema NextSeq 550 Después del lavado Después del lavado, los dispensadores permanecen en la posición bajada para evitar que entre aire en el sistema. Deje los cartuchos en su lugar hasta el próximo experimento. N.º de documento 15069765 v05 ESP Para uso exclusivo en investigación. -
Página 37: Capítulo 4 Lectura
BeadChip. La utilidad Decode File Client le permite descargar carpetas DMAP directamente de los servidores de Illumina utilizando un protocolo HTTP estándar. Para acceder a la utilidad Decode File Client, diríjase a la página de asistencia de Decode File Client en el sitio web de Illumina (support.illumina.com/array/array_software/decode_file_client/downloads.html). -
Página 38: Flujo De Trabajo De Lectura
Archivos de grupos: los archivos de grupos describen las posiciones de los grupos para la matriz de genotipado de Illumina y se emplean cuando se analizan los datos para hacer la llamada de genotipo. Los archivos de grupos emplean el formato *.egt. -
Página 39: Acceso A La Carpeta Dmap Por El Beadchip
Guía del sistema NextSeq 550 BeadChips by barcode (BeadChips por código de barras) Introduzca la información requerida. Localice la carpeta DMAP que desea descargar. Compruebe que dispone de suficiente espacio libre en el destino de la descarga. Inicie la descarga. El estado de la descarga se puede ver en la ficha Download Status and Log (Estado y registro de la descarga). -
Página 40: Configuración De Una Lectura
Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Cierre la puerta del compartimento de reactivos y la del compartimento de tampones. N.º de documento 15069765 v05 ESP Para uso exclusivo en investigación. -
Página 41: Carga Del Adaptador De Beadchips
Guía del sistema NextSeq 550 Carga del adaptador de BeadChips Utilice los pasadores de alineación para colocar el adaptador de BeadChip en la platina. Figura 23 Carga del adaptador de BeadChips Seleccione Load (Cargar). La puerta se cierra de forma automática, el ID del BeadChip aparece en pantalla y se comprueban los sensores. -
Página 42: Inicio De La Lectura
Guía del sistema NextSeq 550 Cruz roja : no se ha superado la comprobación. Todos los elementos que no la superen, precisan una acción antes de continuar. Consulte Solución de errores de la comprobación automática en la página Para detener una comprobación automática que esté en curso, seleccione el icono en la esquina inferior derecha. - Página 43 Guía del sistema NextSeq 550 NOTA La finalización de una lectura es definitiva. Si finaliza una lectura antes de que esta haya terminado, los datos de la lectura no se guardan. Transferencia de datos Cuando finaliza la lectura, los datos se ponen en cola para transferirlos a la carpeta de resultados de lectura. Los datos se guardan de forma temporal en el ordenador del instrumento.
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Página 44: Capítulo 5 Mantenimiento
Mantenimiento preventivo Illumina recomienda programar un servicio de mantenimiento preventivo cada año. Si no dispone de contrato de servicios, póngase en contacto con el comercial de su región o con el servicio de asistencia técnica de Illumina para acordar un servicio de mantenimiento preventivo facturable. -
Página 45: Preparación Para Un Lavado Manual Posterior Al Experimento
Guía del sistema NextSeq 550 Figura 25 Cartucho de lavado de reactivos y cartucho de lavado de tampones Preparación para un lavado manual posterior al experimento Consumibles que debe proporcionar el Volumen y descripción usuario • NaOCl 1 ml, diluido al 0,12 % Se carga en el cartucho de lavado de reactivos (en la posición n.º 28). -
Página 46: Preparación Para Un Lavado Rápido
Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Deslice el contenedor de reactivos usados vacío dentro del compartimento de tampones hasta que se detenga. -
Página 47: Inicio Del Lavado
Guía del sistema NextSeq 550 Inicio del lavado Seleccione Start (Iniciar). Una vez finalizado el lavado, seleccione Home (Inicio). Después del lavado Después del lavado, los dispensadores permanecen en la posición bajada para evitar que entre aire en el sistema. Deje los cartuchos en su lugar hasta el próximo experimento. Sustitución del filtro de aire En los instrumentos que lo incluyen, el filtro de aire permite que el aire fluya a través del instrumento. -
Página 48: Actualizaciones De Software
Guía del sistema NextSeq 550 Figura 27 Inserción del filtro de aire Actualizaciones de software Las actualizaciones de software se suministran en un paquete llamado System Suite, que incluye el software siguiente: Software de control de NextSeq (NCS) Fórmulas de NextSeq Software Local Run Manager RTA2 Software de servicio de NextSeq (NSS) -
Página 49: Actualización Automática De Software
Actualización manual de software Descargue el instalador de System Suite del sitio web de Illumina y guárdelo en una ubicación de red. De manera alternativa, copie el archivo de instalación del software en una unidad USB portátil. -
Página 50: Apagado Del Instrumento
No cambie la posición del instrumento. Si lo mueve de forma incorrecta, la alineación óptica podría verse afectada y comprometer la integridad de los datos. Si debe cambiar la posición del instrumento, póngase en contacto con su representante de Illumina. N.º de documento 15069765 v05 ESP Para uso exclusivo en investigación. -
Página 51: Apéndice A Solución De Problemas
Configuración de ajustes del sistema Introducción Para cuestiones técnicas, visite las páginas de asistencia de NextSeq 550 en el sitio web de Illumina. Las páginas de asistencia proporcionan acceso a la documentación, las descargas y las preguntas frecuentes. Inicie sesión en su cuenta de MyIllumina para acceder a los boletines de asistencia. -
Página 52: Archivos De Solución De Problemas Para Las Lecturas De Matrices
RTALogs (Registros de RTA). Este archivo no está presente para los experimentos realizados con éxito. Incluya el registro de errores al notificar los problemas al servicio de asistencia técnica de Illumina. Archivos de solución de problemas para las lecturas de matrices... -
Página 53: Solución De Errores De La Comprobación Automática
La cuenta de BaseSpace o el servidor de red están llenos. disco de la red) Temperatura Acción recomendada Temperature (Temperatura) Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Temperature Sensors Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. (Sensores de temperatura) Fans (Ventiladores) Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. -
Página 54: Comprobaciones Para Los Experimentos De Secuenciación
Sistema de adquisición de Acción recomendada imágenes Imaging Limits (Límites de Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. adquisición de imágenes) Z Steps-and-Settle Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Bit Error Rate (Tasa de errores Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. -
Página 55: Comprobaciones Para Las Lecturas De Matrices
Guía del sistema NextSeq 550 Temperatura Acción recomendada Fans (Ventiladores) Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Sistema de adquisición de Acción recomendada imágenes Imaging Limits (Límites de Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. -
Página 56: Contenedor De Reactivos Usados Lleno
Sistema de adquisición Acción recomendada de imágenes Imaging Limits (Límites de Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. adquisición de imágenes) Z Steps-and-Settle Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Bit Error Rate (Tasa de Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. -
Página 57: Puntos Para Finalizar Un Experimento De Rehibridación
Guía del sistema NextSeq 550 Cuando inicie un experimento de rehibridación, el software realizará los pasos siguientes para llevar a cabo el experimento: Crea una carpeta de experimento con un nombre basado en un nombre único del experimento. Comprueba que la fecha de rehibridación de la celda de flujo no haya caducado. Ceba los reactivos. -
Página 58: Configuración De Un Experimento En El Instrumento
Guía del sistema NextSeq 550 NOTA Si no ha extraído el cartucho de reactivo y el cartucho de tampón del experimento detenido, puede utilizarlos para el lavado manual. De lo contrario, lleve a cabo un lavado manual con el cartucho de lavado de reactivos y el cartucho de lavado de tampones. -
Página 59: Sustitución De Los Archivos De Manifiesto Y Archivos De Grupos
Aumenta de uno en uno el contador de lecturas en función del recuento de lecturas de la última relectura. Sustitución de los archivos de manifiesto y archivos de grupos Diríjase a la página de asistencia técnica de Illumina (support.illumina.com) correspondiente al BeadChip que está... -
Página 60: Fórmulas Personalizadas Y Carpetas De Fórmulas
No se precisa ejecutar ninguna comprobación del sistema para el funcionamiento normal o el mantenimiento del instrumento. No obstante, un representante del servicio de asistencia técnica de Illumina puede solicitarle que ejecute una comprobación del sistema para solucionar posibles problemas. -
Página 61: Realización De Una Comprobación Del Sistema
Si todavía no hay ninguna celda de flujo usada en el instrumento, cargue una. NOTA Illumina recomienda utilizar una celda de flujo de rendimiento elevado para las comprobaciones del sistema. b Vacíe el contenedor de reactivos usados y vuelva a colocarlo en el instrumento. -
Página 62: Comprobaciones De Movimiento
El ordenador de NextSeq está equipado con dos discos duros. Si un disco duro empieza a fallar, el sistema genera un mensaje de error de RAID y le sugiere que se ponga en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Normalmente, es necesario sustituir un disco duro. N.º de documento 15069765 v05 ESP Para uso exclusivo en investigación. -
Página 63: Configuración De Ajustes Del Sistema
Guía del sistema NextSeq 550 Puede proceder con los pasos de configuración del experimento y el funcionamiento normal. El propósito del mensaje es planificar los trabajos de mantenimiento de forma anticipada para evitar interrupciones en el funcionamiento normal del instrumento. Para continuar, seleccione Acknowledge (Aceptar) y, a continuación, Close (Cerrar). -
Página 64: Establecer La Configuración De Basespace Sequence Hub
Si cuenta con una suscripción Enterprise, seleccione la casilla de verificación Private Domain (Dominio privado) e introduzca el nombre del dominio (URL) utilizado para el inicio de sesión único en BaseSpace Sequence Hub. Por ejemplo: https://yourlab.basespace.illumina.com. Seleccione Save (Guardar). Configuración de lectura del BeadChip En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione System Configuration (Configuración del sistema). - Página 65 Guía del sistema NextSeq 550 Para especificar una ubicación de resultados predeterminada, seleccione Browse (Examinar) y vaya a la ubicación que desee dentro de la red del centro. Seleccione un formato de archivo de imagen para las imágenes guardadas. El tipo de imagen predeterminado es JPG.
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Página 66: Apéndice B Análisis En Tiempo Real
Apéndice B Análisis en tiempo real Descripción general de Análisis en tiempo real Flujo de trabajo del análisis en tiempo real Descripción general de Análisis en tiempo real El sistema NextSeq 550 utiliza una implementación del software de análisis en tiempo real (RTA) denominada RTA2. -
Página 67: Gestión De Errores
última versión de bcl2fastq, visite la página de descargas de NextSeq en el sitio web de Illumina. RTA v2 proporciona criterios de medición en tiempo real de experimentos de calidad guardados como archivos InterOp. Los archivos InterOp son archivos de resultados binarios que contienen criterios de medición relacionados con placas, ciclos y lecturas y son necesarios para la visualización de criterios de... -
Página 68: Registro Y Extracción De Intensidad
Guía del sistema NextSeq 550 Registro y extracción de intensidad El registro y la extracción de intensidad comienza después de la generación de plantillas. El registro alinea imágenes producidas durante cada ciclo de adquisición de imágenes posterior en relación con la plantilla. La extracción de intensidad determina un valor de intensidad para cada grupo de la plantilla para una imagen determinada. -
Página 69: Consideraciones Sobre El Indexado
Guía del sistema NextSeq 550 Figura 31 Visualización de intensidades de grupos Tabla 1 Llamadas de bases en secuenciación de dos canales Base Canal rojo Canal verde Resultado Los grupos que presentan intensidad en el canal rojo y verde. (encendido) (encendido) 0 (apagado) Los grupos que presentan intensidad solo en el canal rojo. -
Página 70: Puntuación De Calidad
Guía del sistema NextSeq 550 Puntuación de calidad Una puntuación de calidad, o puntuación Q, es una predicción de la probabilidad de obtener una llamada de bases incorrecta. Una puntuación Q superior implica que la llamada de bases tiene una calidad mayor y es más probable que sea correcta. -
Página 71: Apéndice C Archivos Y Carpetas De Resultados
Apéndice C Archivos y carpetas de resultados Archivos de resultados de secuenciación Estructura de carpetas de resultados de secuenciación Archivos de resultados de lectura Estructura de carpetas de resultados de lectura Archivos de resultados de secuenciación Tipos de archivo Descripción, ubicación y nombre del archivo Archivos de llamada Cada placa analizada se incluye en un archivo de llamada de bases, agregado en un archivo para de bases... -
Página 72: Placas De La Celda De Flujo
Guía del sistema NextSeq 550 Placas de la celda de flujo Las placas son pequeñas áreas de adquisición de imágenes en la celda de flujo definidas como el campo de visión por la cámara. El número total de placas depende del número de imágenes de carriles, sectores y superficies adquiridas en la celda de flujo y del funcionamiento conjunto de las cámaras para la obtención de las imágenes. -
Página 73: Numeración De Sectores
Guía del sistema NextSeq 550 Numeración de sectores Las imágenes de cada carril se adquieren en tres sectores. Los sectores están numerados del 1 al 3 para las celdas de flujo de rendimiento elevado. Figura 33 Numeración de sectores Numeración de cámaras El sistema NextSeq 550 utiliza seis cámaras para efectuar la adquisición de imágenes de la celda de flujo. - Página 74 Guía del sistema NextSeq 550 Figura 35 Numeración de placas El número de placa completo incluye cinco dígitos para la representación de la ubicación, tal y como se indica a continuación: Superficie: 1 representa la superficie superior y 2 representa la superficie inferior Sector: 1, 2 o 3 Cámara: 1, 2, 3, 4, 5 o 6 Placa: 01, 02, 03, 04, 05, 06, 07, 08, 09, 10, 11 o 12...
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Página 75: Estructura De Carpetas De Resultados De Secuenciación
Guía del sistema NextSeq 550 Estructura de carpetas de resultados de secuenciación El software de control genera el nombre de la carpeta de resultados de forma automática. Data (Datos) Intensities (Intensidades) BaseCalls (Llamada de bases) L001: archivos de llamada de bases para el carril 1, agregados en un archivo por ciclo. L002: archivos de llamada de bases para el carril 2, agregados en un archivo por ciclo. -
Página 76: Archivos De Resultados De Lectura
Guía del sistema NextSeq 550 Archivos de resultados de lectura Tipos de archivo Descripción, ubicación y nombre del archivo Archivos GTC Archivo de llamada de genotipo. Se genera un archivo GTC para cada muestra que se escanea en el BeadChip. En el nombre del archivo, se incluye el código de barras y la muestra escaneada. -
Página 77: Apéndice D Consideraciones Sobre El Modo De Investigación Del Nextseq 550Dx
Apéndice D Consideraciones sobre el modo de investigación del NextSeq 550Dx Introducción Compatibilidad de los consumibles de NextSeq 550Dx Inicio del instrumento NextSeq 550Dx Indicadores de modo del instrumento NextSeq 550Dx Opciones de reinicio y apagado del NextSeq 550Dx Introducción Las instrucciones de esta guía, con algunas excepciones, se aplican al instrumento NextSeq 550Dx cuando está... -
Página 78: Inicio Del Instrumento Nextseq 550Dx
Guía del sistema NextSeq 550 Inicio del instrumento NextSeq 550Dx Coloque el interruptor de encendido principal en la posición I (Encendido). Figura 36 Interruptor de alimentación situado en la parte trasera del instrumento Pulse el botón de encendido situado sobre el compartimento de reactivos. El botón de encendido enciende la alimentación del instrumento e inicia el ordenador y el software integrados en él. -
Página 79: Indicadores De Modo Del Instrumento Nextseq 550Dx
Guía del sistema NextSeq 550 Espere hasta que el sistema operativo se haya cargado completamente. El NCS abre e inicia el sistema automáticamente. Una vez finalizada la inicialización, se abre la pantalla de inicio. Si su sistema se ha configurado para solicitar credenciales de inicio de sesión, abra sesión en Windows con el nombre de usuario y la contraseña de su centro. - Página 80 No cambie la posición del instrumento. Si lo mueve de forma incorrecta, la alineación óptica podría verse afectada y comprometer la integridad de los datos. Si debe cambiar la posición del instrumento, póngase en contacto con su representante de Illumina. Salir a Windows El comando Exit to Windows (Salir a Windows) proporciona acceso al sistema operativo del instrumento y a cualquier carpeta en el ordenador del instrumento.
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Página 81: Índice Alfabético
Índice alfabético BaseSpace Sequence Hub 1, 22 configuración 58 actualización del software 42 iconos de transferencia 28 adaptador inicio de sesión 22, 52 cargar BeadChip 35 BeadChip descripción general 6 adaptador 6, 33 orientación del BeadChip 33 análisis 1 administrar instrumento cargar 35 apagado 44 fallo de registro 52... - Página 82 Guía del sistema NextSeq 550 compartimento de adquisición de imágenes 3 flujo de trabajo compartimento de reactivos 3 BeadChip 35 compartimento de tampones 3 cartucho de reactivo 18, 26 compartimento del filtro de aire 3 cartucho de tampones 25 comprobación del sistema 54 celda de flujo 23 comprobación previa al experimento 27, 35 comprobación previa al experimento 27, 35...
- Página 83 14 puesta en marcha del sistema 72 Servicio de copia universal 29 reiniciar 73 Servicio de supervisión proactiva de Illumina 13 reiniciar instrumento a RUO 73 software reiniciar instrumento en Dx 73 actualización automática 43 reinicio de instrumento 73 actualización manual 43...
- Página 84 Guía del sistema NextSeq 550 duración del experimento 17 inicialización 11 integrado en el instrumento 4 software BlueFuse Multi 1 software de análisis en tiempo real 1, 4 resultados 65 software de control 4 solución de problemas archivos específicos de la lectura 46 archivos específicos del experimento 45 comprobación del sistema 54 comprobación previa al experimento 47...
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Página 85: Asistencia Técnica
Hojas de datos de seguridad (SDS): disponibles en el sitio web de Illumina, support.illumina.com/sds.html. Documentación del producto: disponible para su descarga en formato PDF en el sitio web de Illumina. Vaya a support.illumina.com, seleccione un producto y, a continuación, seleccione Documentation & Literature (Documentación y bibliografía). -
Página 86: De Documento 15069765 V05 Esp
Illumina 5200 Illumina Way San Diego, California 92122 (EE. UU.) + 1 800 809 ILMN (4566) + 1 858 202 4566 (fuera de Norteamérica) techsupport@illumina.com www.illumina.com Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico. © 2018 Illumina, Inc. Todos los derechos reservados.