Capítulo 3 Secuenciación; Introducción; Concentración Y Volumen De Carga - Illumina iSeq 100 Manual De Uso

Capítulo 3 Secuenciación
Introducción
Descongelar el cartucho en bolsa
Preparar la celda de flujo y las bibliotecas
Cargar consumibles en el cartucho
Configurar un experimento de secuenciación (Local Run Manager)
Configurar un experimento de secuenciación (modo Manual)
Introducción
La generación de grupos, su secuenciación y análisis comprenden la secuenciación en el sistema de
secuenciación iSeq 100. Cada paso se lleva a cabo de manera automática durante un experimento de
secuenciación. En función de la configuración del sistema, se llevan a cabo más análisis fuera del instrumento
después de haber finalizado el experimento.
Generación de grupos—La biblioteca se desnaturaliza de manera automática en cadenas individuales y
u
se diluye posteriormente en el instrumento. Durante la generación de grupos, las moléculas únicas de
ADN se unen a la superficie de la celda de flujo y se amplifican para formar grupos.
Secuenciación: Se adquieren imágenes de los grupos con composiciones químicas de un solo colorante,
u
los cuales utilizan una etiqueta fluorescente y dos ciclos de adquisición de imágenes para codificar los
datos para los cuatro nucleótidos. El primer ciclo de imágenes detecta la adenina (A) y la timina (T).
A continuación, un ciclo químico separa el colorante de la A y a la vez añade un colorante similar a la
citosina (C). El segundo ciclo de adquisición imágenes detecta la C y la T. Tras este segundo ciclo, el
software Real-Time Analysis realiza una llamada de bases, un filtrado y una puntuación de calidad. Este
proceso se repite para cada ciclo de secuenciación. Para obtener más información sobre el proceso
químico con un colorante, consulte
Análisis: A medida que el experimento avanza, el software de control transfiere de forma automática
u
archivos de llamada de bases (*.bcl) a la ubicación de salida especificada para el análisis de los datos.
El método de análisis de datos depende de la configuración del sistema y de la aplicación.
Concentración y volumen de carga
El volumen de carga es de 20 µl. La concentración de carga varía según el tipo de biblioteca.
Tipo de biblioteca
100 % de PhiX
AmpliSeq Library PLUS for Illumina
Nextera DNA Flex
Nextera Flex for Enrichment
TruSeq DNA Nano
TruSeq DNA PCR-Free
Para otros tipos de biblioteca, Illumina recomienda 50 pM como concentración de carga inicial. Optimice
esta concentración en los experimentos subsiguientes para identificar una concentración de carga que
produzca, de manera uniforme, datos que cumplan con las especificaciones.
Las concentraciones de carga demasiado altas o demasiado bajas tienen como resultado agrupaciones y
mediciones de experimentos deficientes. Para obtener más información, consulte la Guía de descripción
general de optimización de grupos (n.º de documento 1000000071511).
N.º de documento 1000000036024 v05 ESP
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
Llamada de bases en la página 45.
Concentración de carga (pM)
60
50
200
100
100
100
20
21
22
24
26
30
20