Troubleshooting - Imegen IMG-227 Instrucciones De Uso

10. Troubleshooting

A continuación, se enumeran los posibles resultados no esperados a lo largo del protocolo de
amplificación y normalización de las dianas analizadas con imegen-Pancreatitis NGS.
▪
Ausencia de amplificados en la muestra:
o Cantidad de ADN molde no óptima, ya sea por exceso o por escasez. En este caso
es recomendable comprobar que la concentración de la muestra es la
recomendada y ajustarla a la cantidad de ADN especificada en estas instrucciones
de uso.
o Muestra de ADN degradado. Se recomienda repetir la extracción de la muestra de
ADN genómico o la reacción de PCR.
o Presencia de contaminantes inhibidores de PCR en las muestras (ej, sales, fenoles,
EDTA, etanol). Se recomiendo purificar la muestra de ADN genómico.
▪
Amplificación en el control negativo: La contaminación de la PCR puede deberse a un
manejo equivocado de la muestra, al uso de reactivos contaminados o a contaminación
de origen ambiental. Limpie minuciosamente el laboratorio donde se ha preparado la
PCR, así como los equipos y el material utilizados. Si es necesario, use alícuotas nuevas
de los reactivos de PCR. En este caso se recomienda repetir la amplificación de las
regiones de interés.
▪
La muestra no ha pasado los controles de calidad establecidos para la preparación de
librerías. Si no se obtiene suficiente material genético para proceder con la preparación
de librerías mediante el protocolo de Nextera®XT DNA, será necesario repetir las
reacciones de amplificación y homogenización de productos de PCR.
▪
La muestra no ha pasado los controles de calidad establecidos para la secuenciación
NGS. Si la secuenciación no pasa los controles de calidad establecidos, será necesario
repetir la preparación de librerías.
▪
La secuenciación de algunos de los exones de interés no cumple con los criterios de
cobertura mínima (100X). Se recomienda repetir la secuenciación aislada del amplicon o
amplicones relacionados mediante secuenciación Sanger.
Rev. 4. 07/02/2019 Página 15 de 16