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C Química de síntesis de oligonucleótidos
C.6 Procesamiento posterior a la síntesis
C.6
Procesamiento posterior a la síntesis
Información general
Una vez terminada la síntesis, la columna con el oligonucleótido fijado al soporte se re-
tira del sistema y se procesa para la escisión y la desprotección. Estos procesos se des-
criben en las instrucciones de funcionamiento de ÄKTA oligopilot plus.
Reacciones colaterales al
eliminar grupos protectores
La eliminación de grupos protectores de fosfato β-cianoetilo de los oligonucleótido en
soluciones de hidróxido de amonio concentradas y a temperatura de 26 a 650 °C podría
modificar las bases heterocíclicas, en particular la timina y la citosina.
El grupo β-cianoetilo de la cadena del fosfato se elimina en hidróxido de amonio por un
mecanismo de β-eliminación que se forma acrilonitrilo, que es la especie reactiva que
alquila y modifica las bases.
Qué hace el tratamiento con DEA
La β-eliminación se suprime si los oligonucleótidos (cuando siguen fijados al soporte
sólido) se tratan con una solución de dietilamina (DEA) al 20 % en acetonitrilo anhidro
que atraviese la columna durante 10 minutos; a continuación se aplican los procedimien-
tos normales de escisión y desprotección en una solución de hidróxido de amonio. Este
protocolo de desprotección modificado mejora el rendimiento del producto oligonucleó-
tido de longitud completa de un 3 a un 7 %, según su composición.
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ÄKTA oligopilot plus Instrucciones de funcionamiento 28959748 AE
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