Illumina NextSeq 1000 Guia Del Usuario página 49

Guía del sistema de secuenciación NextSeq 1000 y 2000
Una vez que se haya cargado un archivo GTF en un grupo de trabajo de BaseSpace Sequence Hub,
seleccione el archivo de anotación de ARN en el menú desplegable.
6. Seleccionar si desea habilitar la expresión diferencial.
7. En caso de habilitar la expresión diferencial, seleccione un valor de control o comparación para
cada muestra.
En cada grupo de comparación, toda muestra marcada como control se compara con todas las
muestras marcadas como comparación. En caso de que la muestra no contenga ningún valor de
control o comparación, seleccione na como valor.
8. Finalice la configuración del experimento.
Para enviar la configuración del experimento a su cuenta de BaseSpace Sequence Hub,
•
seleccione Submit Run (Enviar experimento). Los experimentos enviados a BaseSpace
Sequence Hub aparecen en la lista de experimentos planificados y están disponibles para
los sistemas utilizando el modo Cloud (Nube) o el modo Hybrid (Híbrido).
Para guardar la configuración del experimento como una hoja de muestras con formato de
•
archivo v2, seleccione Export Sample Sheet (Exportar hoja de muestras) en la lista
desplegable Submit Run (Enviar experimento). La hoja de muestras y los archivos de
soporte del análisis secundario se descargan en una carpeta *.zip si se ha proporcionado
un archivo GTF opcional y son necesarios para iniciar experimentos en sistemas que utilizan
el modo Local. Esta opción solo está disponible si la ubicación del análisis seleccionada es
Local.
Illumina DRAGEN Single Cell RNA
Utilice los siguientes pasos para configurar el análisis Illumina DRAGEN Single Cell RNA.
1. Seleccione su genoma de referencia.
Si es posible, utilice un genoma de referencia sin ALT-Aware.
2. [Opcional] Cargue un archivo de anotación de ARN en Gene Transfer Format (Formato de
transferencia de genes, GTF).
• Modo Local: seleccione Select Custom File (Local) (Seleccionar archivo personalizado
[Local]) para cargar un único experimento o Upload Custom File (BaseSpace) (Cargar
archivo personalizado [BaseSpace]) para un uso repetido.
Modo Cloud (Nube) o Hybrid (Híbrido): seleccione Upload Custom File (BaseSpace) (Cargar
•
archivo personalizado [BaseSpace]). El archivo GTF solo está disponible en el grupo de
trabajo en el que se ha cargado.
Una vez que se haya cargado un archivo GTF en un grupo de trabajo de BaseSpace Sequence Hub,
seleccione el archivo de anotación de ARN en el menú desplegable.
3. Seleccione su formato de resultados de asignación o alineación.
4. Seleccione si quiere guardar una copia de sus archivos FASTQ. Los archivos FASTQ solo se
generan si selecciona la opción de conservarlos.
N.º de documento 1000000109376 v05 ESP
Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
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